Кинетика вирусной нагрузки и продолжительность выделения вируса являются важными детерминантами передачи заболевания. Авторы поставили задачу охарактеризовать динамику вирусной нагрузки, продолжительность выделения вирусной РНК и выделения жизнеспособного вируса SARS-CoV-2 в различных биоматериалах, а также сравнить вирусную динамику SARS-CoV-2, SARS-CoV и MERS-CoV.

В этом систематическом обзоре и метаанализе исследователи провели поиск в базах данных, включая MEDLINE, Embase, Europe PubMed Central, medRxiv и bioRxiv на предмет исследовательских статей, опубликованных между 1 января 2003 г. и 6 июня 2020 г.

Была включена серия случаев (с пятью или более участниками), когортные исследования и рандомизированные контролируемые испытания, в которых сообщалось об инфекции SARS-CoV-2, SARS-CoV или MERS-CoV, а также сообщалось о кинетике вирусной нагрузки, продолжительности выделения вируса или жизнеспособности вируса.

Была рассчитана средняя продолжительность выделения вируса и 95% доверительный интервал для каждого исследования, использована модель случайных эффектов для оценки совокупного эффекта. Использовалась взвешенная мета-регрессия, чтобы оценить влияние потенциальных факторов на размер совокупного эффекта.

Получены данные о том, что хотя выделение РНК SARS-CoV-2 в респираторных образцах и фекалиях может быть продолжительным, срок обнаружения жизнеспособного вируса относительно недолгий. Пик титров SARS-CoV-2 в верхних дыхательных путях приходится на первую неделю болезни. Раннее выявление и изоляция заболевших, а также просвещение населения относительно периода заразности являются ключом к эффективному сдерживанию SARS-CoV-2.


СКАЧАТЬ СТАТЬЮ

Пандемия COVID-19 вызвала кризис общественного здравоохранения. Поскольку SARS-CoV-2 может передаваться от людей с инфекцией в инкубационном периоде, с симптоматической или бессимптомной формами инфекции, повторному открытию учреждений и контролю распространения вируса будет способствовать тщательный скрининг населения, для которого тестирование на вирусы часто будет критичным.

После заражения пациенты проходят период инкубации, в течение которого вирусные титры слишком низкие, чтобы их можно было обнаружить, за которым следует экспоненциальный рост количества вируса, ведущий к пиковой вирусной нагрузке и заразности и завершающийся снижением титров и клиренсом. Учитывая характер кинетики вирусной нагрузки, исследователи смоделировали эффективность регулярного скрининга населения с учетом чувствительности тестов, частоты их применения и времени получения ответа. Эти результаты демонстрируют, что эффективный скрининг во многом зависит от частоты тестирования и скорости предоставления результата и лишь незначительно улучшается за счет высокой чувствительности теста. Таким образом, исследователи пришли к выводу, что при скрининге следует уделять приоритетное внимание доступности, частоте и времени, прошедшему от получения образца до выдачи ответа; аналитические пределы обнаружения должны быть вторичны по отношению к указанным факторам.


СКАЧАТЬ СТАТЬЮ

Повторное молекулярное тестирование на SARS-CoV-2 может привести к сценариям, включающим несколько положительных результатов, положительные результаты после отрицательных тестов и повторяющиеся ложноотрицательные результаты у лиц с симптомами.

Последовательно собранные образцы из ретроспективной когорты (пациенты с COVID-19 в больнице Джона Хопкинса) были оценены на предмет распространения РНК и инфекционного вируса. Полногеномное секвенирование подтвердило генотип вируса у пациентов с длительным выделением вирусной РНК. Была использована droplet-digital PCR (ddPCR), чтобы оценить частоту ложноотрицательных результатов стандартной ПЦР. Появление инфекционного вируса было связано со значением Ct 18,8 ± 3,4. Длительное выделение вирусной РНК было связано с нахождением инфекционного вируса в образцах, собранных в течение 20 дней после первого положительного результата у пациентов, у которых на момент сбора образцов отсутствовали симптомы. Использование значений Ct и клинических симптомов обеспечивает более точную оценку возможности распространения инфекционного вируса.


СКАЧАТЬ СТАТЬЮ

Задача обзора - сравнение культивирования SARS-CoV-2 в качестве наилучшего индикатора текущей инфекции и контагиозности с результатами полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР). В анализ включены 29 исследований, в которых сообщалось о культивировании SARS-CoV, выделенного из мокроты, носоглоточных или ротоглоточных образцах, мочи, образцах стула, крови и окружающей среды от пациентов с диагнозом Covid-19.

Данные свидетельствуют о связи между временем от сбора образца до анализа, порогом цикла и тяжестью симптоматики.

В двенадцати исследованиях сообщалось, что значения Ct были значительно ниже в образцах, дающих живую вирусную культуру.

В пяти исследованиях сообщалось об отсутствии роста в образцах с определенными пороговыми значениями Ct. Эти значения варьировались от CT> 24 до Ct ≥ 34.

В двух исследованиях сообщается о тесной взаимосвязи между значением Ct и возможностью получить инфекционный вирус; вероятность получения живого вируса снижалась на 33% на каждую единицу Ct. Пороговое значение Ct> 30 ОТ-ПЦР было связано с неинфекционными образцами.

Одно исследование, в котором анализировали фрагменты генов NSP, N и E, полученных в результате ПЦР, сообщало о различных порогах отсечения в зависимости от анализируемого фрагмента гена. Продолжительность выделения РНК, обнаруженная с помощью ПЦР, была намного больше, чем при обнаружении живой культуры.

В шести из восьми исследований сообщалось о выделении РНК более 14 дней. Тем не менее, инфекционность снижается после 8-го дня даже среди случаев с сохраняющейся высокой вирусной нагрузкой. Очень небольшая часть пациентов с положительным результатом повторного тестирования после выписки из больницы или с высоким Ct, вероятно, заразны.

Проспективное рутинное тестирование эталонных и клинических образцов необходимо проводить в каждой стране, вовлеченной в пандемию, чтобы установить надежность ПЦР на Covid-19 и ее связь с различными факторами. Инфекционность вируса связана с датой появления симптомов и пороговым уровнем цикла. Бинарный подход «да / нет» к интерпретации результатов ОТ-ПЦР, не прошедших валидацию на вирусной культуре, приводит ложноположительным результатам с возможной изоляцией значительного числа людей, которые не заразны и, следовательно, не представляют угрозы для общественного здоровья.

СКАЧАТЬ СТАТЬЮ